山东省天然药物工程技术研究中心拥有一套完善的科研组织机构，从项目调研、立项分析、工艺研究、药理、毒理研究、临床、注册报批、合作、转让，都有专项科室负责，并有一系列成熟的工作规范，可保证每个项目按计划、高效率地完成。
1.机构设置:

2.机构介绍:
天然药化研究室：该研究室应具备对中药及天然药物活性成分的提取分离、结构测定的功能，以满足中药新药开发对物质基础研究的要求，为新药筛选提供足够数量的供试品，并兼负提供中药质量标准所需化学对照品的任务。
合成药物化学研究室：开展合成药的研究以及对有价值的天然药物有效成分进行结构修饰，开发创新药物。
药物分析研究室（含仪器分析中心）：该研究室的主要任务为新药的质量标准研究工作，配合药理实验室进行药物代谢与药代动力学的研究，重点进行常用中药中活性成分的生物利用度研究，配合药剂研究室进行药物缓释及长效控释给药系统的配方研究。该研究室下设仪器分析中心，配备HPLC-MS，差热分析、红外、紫外等大型仪器。
现代中药研究室：利用现代提取分离技术对疗效确切的单方与复方中药的二次开发，为中药现代化、国际化与产业化提供国际市场可接受的语言。
药理研究一室：主要进行新药研发的药效学研究。研究主要集中在整体及器官水平。研究方向为心脑血管药物、消化系统药物、血液系统药物。
药理研究二室（含活性筛选中心）：在细胞和分子水平进行新药药效学筛选，并开展创新药物作用机理研究。研究方向为：抗肿瘤药物、免疫调节药物及抗炎镇痛药物。

药物安全性评价中心：该室的主要任务是按GLP要求完成新药的安全性评价，并承担实验动物的饲养繁殖任务，目前拥有山东省大动物实验中心。
制剂研究一室：该室的主要任务是完成新药开发所要求的制剂工艺研究。进行中药或天然药物口服生利用度及提高生物利用度的研究；进行长效控释系统的研究；进行可降解高分子材料在控释给药系统的应用方面的研究
制剂研究二室：该室主要牵头进行中药注射剂的工艺研究；中药乳剂平台的建设以及其它现代中药新制剂的研究开发。
工程技术部:是中心新药开发的中试基地，也是进行工程技术研究的基地。该部下设三个研究室，主要功能如下
    1.中药提取工艺中试实验室：该实验室配置可处理30公斤药材的中试水平的计算机程控的中药提取
      生产线，将重点开展膜分离技术在中药提取除杂质方面应用和复合吸附树脂的应用研究。
    2.植物药现代分离纯化技术中试实验室：该室的主要任务是研究单味药中有效成分或有效部位的工
      业化提取分离技术的研究。该室将配备处理30公斤药材和公斤级化学物质分离纯化设备。
    3.制剂工艺技术中试实验室：该室为制剂的中试实验室，具备常用剂型中试研究的功能。
开发与技术贸易部：主要负责项目合作，项目引进，新药项目转让等工作，寻求国内外合作研究的伙伴，与制药企业洽谈项目转让、技术合作事宜，并负责推广制药工程技术方面的新工艺、新技术，承接出口中药及天然药物提取物及制剂，等等。
注册部：负责新药的注册报批工作。
专利部：负责专利申请等知识产权相关工作。该部还与国内主要信息源联网，具备项目的系统检索功能，原始文献、专利索取功能。